Die Geschichte des Cocktails begann, als der Barkeeper Andy MakElhon einen Cocktail mit Blue Curacao Likör erfand. 1960 wurde der Europäische Markt überschwemmt mit dem blauen Likör, welcher jedem Getränk eine schöne Farbe verleiht. 1972 wurde der Cocktail von Andy MakElhon, dem Sohn von Harry MakElhon, in der Bar “Harry’s New York Bar”, Paris (Frankreich) auf die Cocktailkarte gesetzt.
Ein Film von den Regisseuren Randal Kleiser und William A. Graham mit mit dem Namen “The Blue Lagoon” kam 1980 heraus. Dies verhalf dem Cocktail zwar zu einem gewissen Bekanntheitsgrad, jedoch hatte der Film damit nichts zu tun. Trotzdem wird er bis heute mit dem Cocktail Blue Lagoon gleichgesetzt. Der Cocktail selbst wurde nach einem Isländischen Thermal Spa benannt, welches Andy MakElhon besuchte. Er war von der Schönheit so angetan, dass er seinen berühmtesten Cocktail nach ihr benannte.
Die zweite und etwas weniger bekannte Version der Namensherkunft des Cocktails, wird dem Französischen Impressionisten Paul Gauguin um 1890 zugeschrieben. Er erfand der Legende zufolge den Cocktail auf Tahiti. Diese Geschichte und Namensherkunft wird oft mit der ersten genannt, jedoch ist diese nicht belegt und verifiziert.